Vaisalan hallitus toimii hyväksytyn työjärjestyksen mukaan. Tärkeimpiä hallituksen käsittelemiä asioita ovat:
- vastata osakeyhtiölaissa, yhtiöjärjestyksessä tai muualla hallituksen vastuulle määrätyistä tehtävistä,
- päättää konsernistrategiasta,
- käsitellä ja hyväksyä osavuosikatsaukset, konsernitilinpäätös ja toimintakertomus,
- käsitellä konsernin toimintasuunnitelma, budjetti ja investointisuunnitelma,
- päättää strategisesti tai taloudellisesti merkittävistä yksittäisistä investoinneista, yritysostoista, -myynneistä tai -järjestelyistä sekä vastuusitoumuksista,
- vahvistaa konsernin riskienhallinta- ja raportointimenettely,
- vahvistaa konsernin vakuutuspolitiikka,
- hyväksyä konsernin rahoituspolitiikka,
- tehdä yhtiökokoukselle ehdotus osingosta,
- arvioida vuosittain omaa toimintaansa puheenjohtajan johdolla.
Vaisalan hallitus on perustanut keskuudestaan tarkastusvaliokunnan ja palkitsemisvaliokunnan.