​Vaisalan jätehuollon tavoitteena on vähentää kaatopaikkajätteen määrää parantamalla lajittelua ja vähentämällä jätteen määrää. Erotelemme elektroniikkaromun, kaikki pakkausmateriaalit, kemikaalit, puun, pahvin, lasin ja biojätteet, sekä vuodesta 2011 myös energiajakeen. Sekajätteen minimoiminen on jätehuoltomme kulmakivi ja pyrimme eri tavoin toteuttamaan tätä tavoitetta.

Jätteen ja pakkausmateriaalien määrät ovat suoraan sidonnaisia tuotantovolyymeihin ja nousevat siksi usein tuotantokapasiteetin kasvaessa. Sekä kierrätettävän jätteen että sekajätteen määrä nousee aina huomattavasti laajojen remonttien ja sisäisten muuttojen aikana, kun muutettavaa tavaramäärää minimoidaan. Vuonna 2011, kaikissa jätejaeissa nähtiin kasvua juurikin näiden asioiden vuoksi. Lähes jokainen työntekijä muutti eri työtiloihin viime vuonna ja kiinteistössä tehtiin laajoja remonttitöitä, esimerkiksi ilmanvaihtojärjestelmään, tuotantotiloihin ja toimistoihin.

Vaisalassa nimetyt vastuuhenkilöt kirjaavat ongelmajätteen voimassa olevien säännösten mukaisesti. Ongelmajätteen käsittelyn hoitaa Suomessa Ekokem Oy, joka on auktorisoitu ongelmajätehuoltoyritys.

Tuottajat vastaavat vuonna 2005 aloitettujen WEEE- (sähkö- ja elektroniikkaromun) keräämisen ja kierrätyksen rahoituksesta. Suurimman osan WEEE-jätteen kierrätyksestä EU:ssa hoitaa suoraan paikalliset kansallisten tuottajaorganisaatioiden rahoittamat kierrätysorganisaatiot. Suoramyynnissä tuottaja ja asiakas voivat keskenään sopia kierrätyksen rahoitusmenetelmästä.

Vaisala huolehtii myös markkinoille toimittamiensa pakkausmateriaalien kierrätyksestä. Tästä syystä Vaisala on Pakkausalan Ympäristörekisteri PYR Oy:n rekisterissä ja raportoi sinne vuosittain pakkausmateriaaliensa painon.