Vaisala Oyj:n hallitus päättää toimitusjohtajan palkitsemisesta. Hallitus päättää myös toimitusjohtajan esityksen perusteella johdon palkitsemisesta.
Toimitusjohtajan ja johdon palkitsemisjärjestelmä sisältää peruspalkan lisäksi vuosittaisen bonusohjelman, jonka maksimituotto voi olla 5-7 kuukauden palkkaa vastaava rahamäärä. Bonusohjelma perustuu hallituksen asettamiin liikevaihto- ja kannattavuustavoitteisiin. Lisäksi Vaisalassa on käytössä kolmivuotinen avainhenkilöt kattava kannattavuuden kehittymiseen sidottu järjestelmä.
Johtoryhmällä kollektiivinen ryhmäeläkevakuutus, jonka perusteella johtoryhmän jäsenten eläkeikä on 62 vuotta. Vakuutus on maksuperusteinen ja vuosittainen maksu on kahden (2) kuukauden palkkaa vastaava määrä.
Toimitusjohtajan palkkiot ja etuisuudet ovat Toimitusjohtaja-sivulla. Vaisalalla ei ole päätoimista hallituksen puheenjohtajaa.